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NewPubmed文献分析系统是基于PubMed的深度检索和聚类分析。该系统可以按照规范化的学者、规范化的机构、年份、期刊、国家、城市、主题词、学科等30多项内容进行统计和聚类，按照出现的频率展示检索结果。NewPubmed提供科研辅助分析包括：（1）统计国内所有外学者及机构被Pubmed收录的全部文献；（2）了解领域内核心期刊，为选择合适期刊发表论文提供途径；（3）帮助医疗工作者寻找新的方向和创新点；（4）按学科进行学术评价和创新分析；（5）查找某领域的核心作者及机构，寻求合作。
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